模拟计算 – 晨阳博客 https://zhangchenyang.cn 欢迎来到张晨阳的博客 Mon, 16 May 2022 13:51:24 +0000 zh-Hans hourly 1 https://wordpress.org/?v=6.9.4 【转】Materials Studio建模文件转换成Lammps识别的data坐标文件 https://zhangchenyang.cn/220.html Mon, 16 May 2022 13:51:24 +0000 http://zhangchenyang.cn/?p=220 继续阅读 【转】Materials Studio建模文件转换成Lammps识别的data坐标文件]]> 1.导出坐标文件

首先在Materials Studio中导出建模文件时就要选择 Insightll Molecule Files(*.car，*.cor），此时会生成相应的 **.car 和 **.mdf 坐标文件。对于常见的cvff，compass力场，最好在 Forcite Tools 工具中选择 Calculation，在Energy选项中就确定好相应的力场文件之后run。方便lammps转换时生成准确的势函数参数。

2.转换 data 文件

打开cmd，输入指令：
msi2lmp.exe *** -i -class 1 -frc cvff > data.***
指令中 **代表 .car 文件的命名，-i 代表忽略错误，1 代表势函数类型， -frc cvff 代表采用cvff.frc文件进行坐标编译。
此时会生成 **.data 和 data.** 文件，其中 **.data 文件就是lammps能识别的坐标导入文件。一般来说，还需要自行修改相应的势函数参数，这个需要自行处理。

]]> LAMMPS+MPI+GPU (Ubuntu) https://zhangchenyang.cn/207.html Tue, 15 Mar 2022 12:07:14 +0000 http://zhangchenyang.cn/?p=207 继续阅读 LAMMPS+MPI+GPU (Ubuntu)]]> 1. 安装所需的包

sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install make

2. 下载所需文件

1.在主文件夹下建立lmp文件夹

cd ~
mkdir lmp

2.进入lmp
cd lmp

3.下载cuda
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.6.1/local_installers/cuda_11.6.1_510.47.03_linux.run

4.下载fftw
wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz

5.下载lammps
wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz

3. 解压文件

1.tar -xvf fftw-3.3.8.tar.gz
2.tar -xvf lammps-stable.tar.gz

4. 安装

4.1 安装cuda

1.运行安装程序

sudo sh cuda_11.6.1_510.47.03_linux.run

2.安装除了驱动以外的组件

4.2 安装fftw

1.cd fftw-3.3.10
2.sudo ./configure --prefix=/usr/local --enable-float
3.sudo make -j
4.sudo make install
4.3 安装mpich
进入\lammps-3Mar20\src\MAKE\OPTIONS路径，打开Makefile.g++_mpich_link文件，通过查看以下内容可知lammps默认mpich调用路径为/usr/local。

在这里插入图片描述
1.cd lammps/mpich-3.3.2
2.sudo ./configure --prefix=/usr/local
3.sudo make -j
4.sudo make install

4.4 安装lammps

1.进入lammps下lib/gpu文件夹
cd lammps-29Sep2021/lib/gpu/
2.编辑Makefile.linux文件

sudo vim Makefile.linux
修改以下内容
NVCC = nvcc修改为：NVCC = /usr/loca/cuda/bin/nvcc
CUDA_ARCH = -arch=sm_50修改为：CUDA_ARCH = -arch=sm_61#这里是需要根据实际GPU型号修改对应参数。
保存退出

ESC

:wq

3.make一下Makefile.linux文件

sudo make -f Makefile.linux

如果想重新生成，需要进行clean

sudo make -f Makefile.linux clean

4.返回至lammps文件夹下，进入src

cd ..
cd src/

5.根据需求make模块

sudo make yes-***
***这里根据需求添加依赖包
如gpu，class2，kspace，mainbody…

6.make生成lmp_mpi文件
sudo make mpi -j

]]> [LAMMPS命令合集]units命令 https://zhangchenyang.cn/151.html Mon, 12 Apr 2021 08:55:51 +0000 http://zhangchenyang.cn/?p=151 继续阅读 [LAMMPS命令合集]units命令]]> units是LAMMPS中最常用的命令之一，其用途为设置模拟过程的单位

语法

units stytle

style = lj or real or metal or si or cgs or electron or micro or nano

例子

units metal
units lj

用法

style为real时

mass = grams/mole 质量=克/摩尔
distance = Angstroms 距离=埃米（10-9米）
time = femtoseconds 时间=飞秒（10-15秒）
energy = Kcal/mole 能量=千卡/摩尔
velocity = Angstroms/femtosecond 速度=埃米/飞秒
force = Kcal/mole-Angstrom 力=能量/距离
torque = Kcal/mole 力矩=千卡/摩尔
temperature = Kelvin 温度=开尔文单位
pressure = atmospheres 压力=大气压
dynamic viscosity = Poise 动力学黏度=帕
charge = multiple of electron charge (1.0 is a proton) 电荷=电子电荷倍数（1.0就是一个质子）
dipole = charge*Angstroms 偶极子=电荷*埃米
electric field = volts/Angstrom 电场=伏/埃米
density = gram/cm^dim 密度=克/平方厘米
]]> LAMMPS模拟命令顺序 https://zhangchenyang.cn/144.html Mon, 12 Apr 2021 08:00:39 +0000 http://zhangchenyang.cn/?p=144 继续阅读 LAMMPS模拟命令顺序]]> LAMMPS模拟过程涉及较多的命令，一般来说主要分为以下几个流程

/////////////////

//初始参数

/////////////////

 

//模型初始化

units

boundary

atom_style

 

//设置键势类型

bond_style

//设置键角类型

angle_style

//设置二面角势类型

dihederal_style

//设置对势类型

pair_style

//读取结构数据

read_data

 

//设置邻近原子参数

neighbor

neigh_modify

 

/////////////////

//计算区域

/////////////////

//设置多久输出一次数据

//弛豫

nve

//温度设置

 

//设置系综

nve nvt npt

 

//热力学输出（显示在屏幕上）

thermo_style

thermo

 

//设置步长

timestep

 

//*将步数的计数器设置为指定值，设为0即清空

reset_timestep 0

 

//开始计算

run 1000（计算多少步，模拟时长为 步数*时间步长）
]]> [转]region命令 https://zhangchenyang.cn/139.html Mon, 12 Apr 2021 07:08:57 +0000 http://zhangchenyang.cn/?p=139 继续阅读 [转]region命令]]> region命令用于定义一个空间几何区域。

使用语法:

region ID style args keyword arg ...
  • ID = 待定义区域的ID
  • style = delete / block / cone / cylinder / plane / prism / sphere / union / intersect
delete = no args
  block args = xlo xhi ylo yhi zlo zhi
    xlo,xhi,ylo,yhi,zlo,zhi = 各个维度上的范围值
  cone args = dim c1 c2 radlo radhi lo hi
    dim = x or y or z = 圆锥台轴线方向
    c1,c2 = 圆锥台轴线在另外两个维度上的坐标值
    radlo,radhi = 圆锥台上下底面的半径
    lo,hi = 圆锥台轴线方向的范围值
  cylinder args = dim c1 c2 radius lo hi
    dim = x or y or z = 圆柱体轴线方向
    c1,c2 = 圆柱体轴线在两位两个维度上的坐标值
    radius = 圆柱体半径，可以使用变量
    lo,hi = 圆柱体轴线方向的范围值
  plane args = px py pz nx ny nz
    px,py,pz = 平面上一个点的坐标
    nx,ny,nz = 平面法矢坐标
  prism args = xlo xhi ylo yhi zlo zhi xy xz yz
    xlo,xhi,ylo,yhi,zlo,zhi = 平行六面体在各个维度上的范围值
    xy = y方向在x方向的倾斜值
    xz = z方向在x方向的倾斜值
    yz = z方向在y方向的倾斜值
  sphere args = x y z radius
    x,y,z = 球心坐标
    radius = 球体半径，可以使用变量
  union args = N reg-ID1 reg-ID2 ...
    N = 要进行并集操作的区域的数目，必须大于等于2
    reg-ID1,reg-ID2, ... = 要进行并集操作的区域的ID
  intersect args = N reg-ID1 reg-ID2 ...
    N = 要进行交集操作的区域的数目，必须大于等于2
    reg-ID1,reg-ID2, ... = 要进行交集操作的区域的ID
  • keyword = side or units or move or rotate
side value = in or out
    in = 指定几何体内侧作为区域
    out = 指定几何体外侧作为区域
  units value = lattice or box
    lattice = 以晶格距离作为几何距离单位
    box = 以模拟盒子作为几何距离单位
  move args = v_x v_y v_z
    v_x,v_y,v_z = x, y, z 方向的位移量，equal类型的变量
  rotate args = v_theta Px Py Pz Rx Ry Rz
    v_theta = 旋转角，equal类型的变量，弧度单位
    Px,Py,Pz = 旋转操作的中心点
    Rx,Ry,Rz = 旋转轴矢量

使用举例

region 1 block -3.0 5.0 INF 10.0 INF INF
region 2 sphere 0.0 0.0 0.0 5 side out
region void cylinder y 2 3 5 -5.0 EDGE units box
region 1 prism 0 10 0 10 0 10 2 0 0
region outside union 4 side1 side2 side3 side4
region 2 sphere 0.0 0.0 0.0 5 side out move v_left v_up NULL
]]>